1. กลุ่มภารกิจด้านเศรษฐกิจ
2. กลุ่มภารกิจด้านสังคม
3. กลุ่มภารกิจด้านทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
4. กลุ่มภารกิจด้านความมั่นคง
5. กลุ่มภารกิจด้านบริหาร
6. กลุ่มโครงการตามพระราชดำริ

กลุ่มภารกิจด้านเศรษฐกิจ
: ส่งเสริมและพัฒนาให้เป็นเมืองท่องเที่ยวเชิงอนุรักษ์ อย่างยั่งยืน
ประกอบด้วย 7 ประเด็นยุทธศาสตร์ ดังนี้
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 1 : การท่องเที่ยว
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 2 : การค้าชายแดน
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 3 : การเกษตร
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 4 : ผลิตภัณฑ์ชุมชนและท้องถิ่น (OTOP) / วิสาหกิจชุมชน
ประเด็นยุทธศาส่ตร์ที่ 5 : การแก้ไขปัญหาความยากจน
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 6 : การคมนาคม
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 7 : การพัฒนาเศรษฐกิจและการแข่งขัน

กลุ่มภารกิจด้านสังคม
: อนุรักษ์และส่งเสริมศิลปวัฒนธรรม
ประกอบด้วย 6 ประเด็นยุทธศาสตร์ ดังนี้
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 1 : การศึกษา
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 2 : การบริหารจัดการองค์ความรู้ด้านศาสนาศิลปวัฒนธรรมท้องถิ่น
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 3 : ระบบสุขภาพ
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 4 : แรงงาน สมานฉันท์ มุ่งสู่สังคมแห่งความสุข
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 5 : สวัสดิการและความเป็นธรรมในสังคม
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 6 : การพัฒนาศักยภาพเด็กและเยาวชน

กลุ่มภารกิจด้านทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
: บำรุงรักษา และฟื้นฟูทรัพยากรธรรมชาติสิ่งแวดล้อม
ประกอบด้วย 6 ประเด็นยุทธศาสตร์ ดังนี้
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 1 : บำรุงรักษาฟื้นฟูและพัฒนาทรัพยากรป่าไม้
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 2 : ฟื้นฟูพัฒนาและบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 3 : บริหารจัดการทรัพยากรดิน
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 4 : พัฒนาและส่งเสริมพลังงานทดแทน
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 5 : รักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อม
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 6 : ส่งเสริมการมีส่วนร่วมในการบริหารจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมของทุกภาคส่วน

กลุ่มภารกิจด้านความมั่นคง
: พัฒนาการค้าชายแดนและพัฒนาการเมืองการปกครอง
ประกอบด้วย 6 ประเด็นยุทธศาสตร์ ดังนี้
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 1 : การป้องกันและปราบปรามยาเสพติด
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 2 : รักษาความปลอดภัยในชีวิตและทรัพย์สิน
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 3 : การป้องกันและปราบปรามการลักลอบหลบหนีเข้าเมืองแรงงาน
ต่างชาติผิดกฎหมายการค้ามนุษย์และอาชญากรรมข้ามชาติ
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 4 : การพัฒนาระบบป้องกันและบรรเทาสาธารณ
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 5 : ความมั่นคง
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 6 : ส่งเสริมประชาธิปไตยทั่วไป

กลุ่มภารกิจด้านบริหารจัดการ
: การบริหารเชิงบูรณาการที่มีประสิทธิภาพบนพื้นฐานของหลักธรรมาภิบาล
ประกอบด้วย 1 ประเด็นยุทธศาสตร์ดังนี้
ประเด็นยุทธศาสตร์ : การบริหารจัดการสู่ผลสัมฤทธิ์โดยใช้หลัก บูรณาโครงการ
ธรรมาภิบาล

กลุ่มภารกิจโครงการตามพระราชดำริ
เนื่องจากจังหวัดแม่ฮ่องสอนมีโครงการในพระราชดำริจึงได้เพิ่มกลุ่มภารกิจในด้านนี้ขึ้นมา และขณะนี้อยู่ในระหว่างการจัดทำประเด็นยุทธศาสตร์ในด้านนี้